普洱茶中的菌种主要涵以下几类：

1. 霉菌：在普洱茶的发酵期间霉菌起到关键作用，如黑曲霉、白曲霉等。这些霉菌可以分解茶叶中的纤维素和蛋白质促进茶多酚的转化，对普洱茶的风味形成有关键作用。

2. 酵母菌：酵母菌在普洱茶发酵期间主要负责糖分的发酵，生成醇类和有机酸有助于提升茶的香气和口感。

3. 细菌：细菌在普洱茶发酵中的作用相对较小，但也能参与茶叶中某些成分的转化，如乳酸菌等，可以增加茶的醇厚感。

这些微生物共同作用使得普洱茶在发酵进展中形成独有的风味和口感。微生物的种类和比例对普洱茶的品质有着至关必不可少的影响。

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