1. 白玉菩提根珠子内部出现的黑色污点可能是由于以下几个起因造成的：

- 原材料本身的瑕疵：白玉菩提根珠子是由贝叶棕种子制成若是种子内部存在天然的黑点或杂质，这些污点在制作进展中可能无法完全去除。

- 加工进展中的污染：在制作珠子时假若采用的工具或材料不干净，也可能造成内部出现污点。

- 长期利用和把玩期间的积累：长期接触汗液、油脂和灰尘，这些污垢可能逐渐渗透到珠子内部，形成黑点。

2. 尽管这些黑点可能存在作用珠子的外观但往往不会作用其采用价值和收藏价值。假如污点较为明显，可以考虑以下方法实施应对：

- 利用软布轻轻擦拭，看是不是可以去除表面的污垢。

- 若是污点较深，可以采用微湿的软布轻擦，但需留意不要让水分进入珠子内部以免作用其结构。