白玉菩提根珠子内部的黑色污点可能是由于长时间存放或加工期间受到污染而形成的。这些污点不仅作用了珠子的美观度，还可能对人体健康造成潜在。倘若您想去除这些污点，可尝试利用若干家庭清洁方法如用软布蘸取少量牙膏或食醋轻轻擦拭或是说用小刷子轻轻刷洗。但是需要留意的是，这些方法可能存在对珠子造成一定的损伤，因而在操作时要轻柔细致，避免利用过度力量。倘使污点难以清除，建议寻求专业清洗机构的帮助，以免损坏珠子的品质和价值。