网商贷还款时可能不存在全部在余额扣除起因如下：

1. 扣款顺序：网商贷的扣款顺序往往是先扣除支付宝账户余额，假若余额不足，则会继续扣除余额宝、余利宝中的资金。

2. 更低还款额：倘采客户的贷款金额较大，而支付宝账户余额只能覆更低还款额，那么系统会先扣除这部分金额，剩余的未还款金额则需要从其他关联账户或绑定的银行卡中扣除。

3. 自动扣款设置：使用者在设置自动还款时可能指定了优先从某个账户扣款，若是该账户余额不足，系统会自动从其他有资金的账户中扣除。

4. 还款金额超出余额：当客户应还金额超过了支付宝账户的余额时超出的部分必须从其他渠道扣除，如绑定的银行卡。

5. 账户余额限制：有时候，使用者的支付宝账户可能存在限制，造成无法一次性扣除全部还款金额，系统则会转而扣除其他可用账户的资金。

6. 系统扣款规则：网商贷的系统扣款规则可能引起资金分散扣除以保证还款的及时性和准确性。

网商贷还款时未有全部在余额扣除可能是由于扣款顺序、更低还款额、自动扣款设置、还款金额超出余额、账户余额限制以及系统扣款规则等多种因素共同作用的结果。