普洱茶冲泡时颜色分层的起因主要有以下几点：

1. 茶叶品质差异：普洱茶中不同部位的茶叶在冲泡时释放出的色素不同，如芽头与叶梗的色泽深浅不一，引起茶颜色出现分层。

2. 茶叶发酵程度：生茶与熟茶的发酵程度不同生茶色泽较浅熟茶色泽较深。冲泡时，不同发酵程度的茶叶混合在一起，容易形成颜色分层。

3. 茶叶存放时间：普洱茶存放时间越长茶叶内部的转化程度越高，色泽也会逐渐加深。存放时间不同的茶叶混合冲泡，可能造成颜色分层。

4. 冲泡方法：冲泡时水、冲泡时间、茶叶用量等因素控制不当，可能致使茶叶中色素释放不均匀，形成颜色分层。

5. 茶叶存条件：茶叶在存进展中，假如环境湿度不稳定，茶叶中的微生物活性增强可能引起颜色分层。

6. 茶叶本身特点：部分普洱茶如拼配茶由于茶叶来源和品种不同，本身颜色就有差异，冲泡时容易出现分层现象。