自然人税务局扣缴端实逾期申报的步骤如下：

1. 系统：采用单位申报密码或个人所得税实名注册的账号密码自然人税务局（扣缴端）。

2. 采集人员信息：点击【人员信息采集】通过【添加】或【导入】功能录入逾期申报人员的个人信息然后点击【报送】。

3. 采集专项附加扣除信息：若存在专项附加扣除，点击【专项附加扣除信息采集】，通过【添加】或【导入】功能录入相关信息然后点击【报送】。

4. 选择申报类型：点击综合所得、分类所得、非居民所得或限售股所得申报按照报表类型添加或导入对应报表。

5. 逾期申报操作：在申报界面，找到逾期申报的月份，点击【申报表报送】，然后点击右上角的【发送申报】和【获取反馈】。

6. 缴纳税款：申报成功后，如有税款需缴纳，点击侧菜单【税款缴纳】，选择合适的缴纳形式完成扣款。

7. 完税证明：税款缴纳完成后，可在侧菜单【查询统计】中查询并开具完税证明。

留意：逾期申报可能存在产生滞纳金，请务必及时解决。