1. 借呗逾期5天后一旦您还清了逾期款项系统往往不会再立即扣除您的款项。但是假若您的支付宝账户或绑定的银行卡中还有之前未还清的欠款，系统或会在下次账单日出账后自动扣除。

2. 具体情况如下：

- 要是您在逾期后的还款日当天或之前还清了全部逾期款项，系统不会再次秒扣。

- 要是您在还款日后才还清欠款，系统有可能在下一个还款周期开始时自动扣除。

- 假使您在还款后账户中仍有余额且之前有签订代扣协议系统可能将会在下一个账单周期自动扣除余额中的相应款项。

3. 建议在还清逾期款项后，及时检查账户余额，并撤销不必要的代扣协议，以避免后续的不必要扣款。同时保持良好的还款惯，准时还款，避免逾期情况的发生。