白玉菩提之所以有多种颜色主要是由以下几个起因造成的：

1. 氧化作用：白玉菩提在长时间的盘玩期间，与空气中的氧气发生氧化反应，造成颜色逐渐变深，从而出现褐色、红色、黄色等多种颜色。

2. 物理变化：随着盘玩的不断实行白玉菩提表面的油脂和水分逐渐被吸收，使得菩提子的质地发生变化，颜色也会随之改变。

3. 人为因素：不同的盘玩形式和保养方法也会作用白玉菩提的颜色。例如利用保养液、清洁剂等物质，或佩戴者的汗液、油脂等，都可能造成颜色变化。

4. 材质差异：白玉菩提的产地、品种、成熟度等因素也会作用其颜色。不同产地的白玉菩提，其原始颜色和质地可能有所不同，经过盘玩后颜色的变化也会有所区别。

5. 环境因素：白玉菩提在不同的环境条件下如温度、湿度、光照等，也会影响其颜色的变化。

6. 个体差异：每个人的盘玩习惯、手部油脂分泌量等都不尽相同，这些因素也会致使白玉菩提的颜色变化出现差异。白玉菩提的颜色变化是一个复杂的过程，受到多种因素的影响。